Fondée sous le règne de Charlemagne dans les années 800 par Barnard, militaire de haut rang, l'Abbaye d'Ambronay est rattachée à la Règle de saint Benoît. Au XIe siècle l'Abbaye jouit d'une totale souveraineté par privilège papal, ne dépendant ainsi que de Rome. L'Abbaye rayonne et possède un territoire important comprenant 44 paroisses, 21 prieurés et 9 doyennés. Ses moines deviennent les administrateurs d'un fief de plus en plus riche et son territoire attire les convoitises des hauts dignitaires avoisinants.

Placée au cœur des luttes frontalières entre le Dauphiné et la Savoie, l'Abbaye doit se défendre. Le « château » est alors édifié, un corps de logis est flanqué de deux tours dans l'enceinte même de l'Abbaye. Afin de vivre plus sereinement, en 1282, l'abbé Jean de la Baume choisit de se mettre sous la protection du Comte de Savoie. Les moines pourront ainsi se consacrer uniquement à la prière dans la stricte observance de la Règle.

Au fil du temps et avec l'arrivée des abbés commendataires, les moines prennent quelques libertés à partir du XVIe siècle. Ils délaisseront, par exemple, les principes de la vie en communauté en construisant leurs propres maisons attenantes à l'Abbaye avec chevaux et domestiques... 

À la Révolution, la Constitution civile du Clergé décrète que les communautés religieuses n'ayant ni vocation d'éducation ni de charité sont déclarées comme étant inutiles. La communauté monacale est dispersée dès 1791, l'abbatiale jusqu'alors réservée aux moines devient l'église paroissiale.

Au XIXe siècle, les bâtiments de l'Abbaye trouvent de nouvelles affectations. Une partie devient prison jusqu'en 1798. Par la suite, les bâtiments conventuels sont vendus à différents propriétaires privés. Au fil du temps, ils connaissent de nouvelles affectations  : tour à tour des logements, grange, hospice, école, bâtiments de garnison.... 

En 1889, le classement de l'église amorce une politique de protection et de restauration du site. Dans les années 60, en même temps que s'épanouit un courant pour la conservation du patrimoine, naît le mouvement de la musique ancienne. 

En 1980, l'Association Art et Musique crée le Festival d'Ambronay autour de la diffusion puis de la production de concerts de musique ancienne et baroque. Aujourd'hui, implanté dans l'abbaye, le Centre culturel de rencontre d'Ambronay est à la convergence des enjeux patrimoniaux et de création artistique.