L’inépuisable richesse des monuments que livre le sol de la ville d’Arles est sans doute l’un des facteurs qui a éveillé très tôt la curiosité et l’intérêt de toute une population. 

Arlésiens, voyageurs, érudits multiplient les regards autour de ces vestiges parfois mystérieux qui ponctuent le quotidien des uns, le souvenir où les dissertations savantes des autres. Dès le XVIe siècle, amateurs, curieux, antiquaires arlésiens constituent de véritables cabinets de curiosité.

En 1614, s’organise à la « Maison commune » la première présentation d’une collection publique d’antiquités. La conscience patrimoniale publique s’affirme au XVIIe siècle, lorsqu’un arrêté ordonne que le produit de toute découverte soit déposé en ce lieu.

La construction de l’Hôtel de ville offrit un espace d’exposition privilégié dans le hall d’entrée qui abrita la première collection publique de la ville, augmentée de trouvailles mais aussi d’acquisitions parmi lesquelles le torse de Mithra, en 1723. C’est ainsi que des œuvres majeures, aujourd’hui exposées au musée, telles l’autel de la Bonne Déesse (1758) ou la statue de Médée ont été préservées.

Par ailleurs, des « jardins d’antiquités » s’organisent en musée de plein air. C’est le cas de la « maison aux deux colonnes » construite à l’emplacement du théâtre et dont l’accès au public sera toujours protégé, mais aussi du célèbre site des Alyscamps où le Père Minime Etienne Dumont, créa dès 1784, un véritable Museum.

Les collections s’enrichissant au gré des découvertes et réhabilitations, c’est en 1826 que l’ensemble des antiquités fut transporté dans l’église Sainte Anne. En 1936, le manque d'espace conduit à l'annexion de la chapelle des Jésuites : les collections païennes et chrétiennes sont arbitrairement dissociées.

La création d'une institution muséale adaptée les réunit en 1995 au sein du musée de l'Arles antique.